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Changeset 145 for Xml/Working/completesampleAlternates.xml

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Timestamp:
02/05/08 16:47:29 (10 months ago)
Author:
andrew
Message:

Working changes as I am updating the schema

Files:
1 modified

  • Xml/Working/completesampleAlternates.xml (modified) (79 diffs)

Legend:

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  • Xml/Working/completesampleAlternates.xml

    r42 r145  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
    2 <ome:OME xmlns:ca="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/CA/2007-06" 
    3  xmlns:std="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/STD/2007-06" 
    4  xmlns:bf="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/BinaryFile/2007-06" 
    5  xmlns:ome="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/OME/2007-06" 
    6  xmlns:cli="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/CLI/2007-06" 
    7  xmlns:mli="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/MLI/2007-06" 
    8  xmlns:spw="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/SPW/2007-06" 
    9  xmlns:am="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/AnalysisModule/2007-06" 
     2<ome:OME xmlns:ca="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CA/2007-06" 
     3    xmlns:std="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/STD/2007-06" 
     4 xmlns:bf="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2007-06" 
     5 xmlns:ome="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2007-06" 
     6 xmlns:cli="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CLI/2007-06" 
     7 xmlns:mli="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/MLI/2007-06" 
     8 xmlns:spw="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2007-06" 
     9 xmlns:am="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/AnalysisModule/2007-06" 
    1010 xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
    11  xsi:schemaLocation="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/OME/2007-06 file:/Users/andrew/Work/SVN/OME/src/xml/workingcopy/ome.xsd"> 
    12     <ome:Project Name="Name0" ID="a.a:Project:a"> 
     11 xsi:schemaLocation="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2007-06 http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2007-06/ome.xsd"> 
     12    <ome:Project Name="Name0" ID="Project:a"> 
    1313        <ome:Description> 
    1414        </ome:Description> 
    15         <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    16         <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
     15        <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     16        <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
    1717    </ome:Project> 
    18     <ome:Dataset Name="Name1" ID="a.a:Dataset:a" Locked="false"> 
     18    <ome:Dataset Name="Name1" ID="Dataset:a" Locked="false"> 
    1919        <ome:Description> 
    2020        </ome:Description> 
    21         <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    22         <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
    23         <ome:ProjectRef ID="a.a:Project:a"/> 
     21        <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     22        <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
     23        <ome:ProjectRef ID="Project:a"/> 
    2424        <ca:CustomAttributes> 
    2525        </ca:CustomAttributes> 
    2626    </ome:Dataset> 
    27     <ome:Experiment Type="FRET TimeLapse FourDPlus" ID="a.a:Experiment:a"> 
     27    <ome:Experiment Type="FRET TimeLapse FourDPlus" ID="Experiment:a"> 
    2828        <ome:Description> 
    2929        </ome:Description> 
    30         <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    31         <ome:MicrobeamManipulationRef ID="a.a:MicrobeamManipulation:a"/> 
     30        <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     31        <ome:MicrobeamManipulationRef ID="MicrobeamManipulation:a"/> 
    3232    </ome:Experiment> 
    33     <spw:Plate ID="a.a:Plate:a" Name="Name2" Description="Description0" Status="Status0" ExternRef="ExternRef0"> 
     33    <spw:Plate ID="Plate:a" Name="Name2" Description="Description0" Status="Status0" ExternalIdentifier="ExternRef0"> 
    3434        <spw:PlateDataset Name="Name3"> 
    3535            <am:Entry Value="Value0" Label="Label0"/> 
    … …  
    3737            <am:Entry Value="Value2" Label="Label2"/> 
    3838            <am:Description>Description0</am:Description> 
    39             <ome:Dataset Name="Name4" ID="a.a:Dataset:a" Locked="false"> 
     39            <ome:Dataset Name="Name4" ID="Dataset:a" Locked="false"> 
    4040                <ome:Description> 
    4141                </ome:Description> 
    42                 <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    43                 <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
    44                 <ome:ProjectRef ID="a.a:Project:a"/> 
     42                <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     43                <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
     44                <ome:ProjectRef ID="Project:a"/> 
    4545                <ca:CustomAttributes> 
    4646                </ca:CustomAttributes> 
    4747            </ome:Dataset> 
    48             <spw:Plate ID="a.a:Plate:a" Name="Name5" Description="Description1" Status="Status1" ExternRef="ExternRef1"/> 
     48            <spw:Plate ID="Plate:a" Name="Name5" Description="Description1" Status="Status1" ExternalIdentifier="ExternRef1"/> 
    4949        </spw:PlateDataset> 
    5050        <spw:ScreenPlate> 
    51             <spw:Screen ID="a.a:Screen:a" Name="Name6" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier0" ProtocolDescription="ProtocolDescription0" 
     51            <spw:Screen ID="Screen:a" Name="Name6" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier0" ProtocolDescription="ProtocolDescription0" 
    5252                 ReagentSetDescription="ReagentSetDescription0" ReagentSetIdentifier="ReagentSetIdentifier0" 
    5353                 Type="Type9"> 
    … …  
    5656                <spw:ScreenPlate/> 
    5757                <spw:ScreenImage> 
    58                     <spw:Screen ID="a.a:Screen:a" Name="Name7" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier1" ProtocolDescription="ProtocolDescription1" 
     58                    <spw:Screen ID="Screen:a" Name="Name7" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier1" ProtocolDescription="ProtocolDescription1" 
    5959                         ReagentSetDescription="ReagentSetDescription1" ReagentSetIdentifier="ReagentSetIdentifier1" 
    6060                         Type="Type10"/> 
    61                     <ome:Image ID="a.a:Image:a" Name="Name8" DefaultPixels="a.a:Pixels:a"> 
     61                    <ome:Image ID="Image:a" Name="Name8" DefaultPixels="Pixels:a"> 
    6262                        <ome:CreationDate>2006-05-04T18:13:51.0Z</ome:CreationDate> 
    63                         <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
     63                        <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
    6464                        <ome:Description> 
    6565                        </ome:Description> 
    66                         <ome:ExperimentRef ID="a.a:Experiment:a"/> 
    67                         <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
    68                         <ome:DatasetRef ID="a.a:Dataset:a"/> 
    69                         <ome:InstrumentRef ID="a.a:Instrument:a"/> 
    70                         <ome:ObjectiveSettingsRef ID="a.a:ObjectiveSettings:a"/> 
     66                        <ome:ExperimentRef ID="Experiment:a"/> 
     67                        <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
     68                        <ome:DatasetRef ID="Dataset:a"/> 
     69                        <ome:InstrumentRef ID="Instrument:a"/> 
     70                        <ome:ObjectiveSettingsRef ID="ObjectiveSettings:a"/> 
    7171                        <ome:ImagingEnvironment Temperature="3.14159E0" AirPressure="3.14159E0" Humidity="0.50" CO2Percent="0.50"/> 
    7272                        <ome:Thumbnail href="http://www.oxygenxml.com/" MIMEtype="MIMEtype0"> 
    7373                        </ome:Thumbnail> 
    74                         <ome:LogicalChannel ID="a.a:LogicalChannel:a" Name="Name9" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="a.a:EmFilter:a" 
    75                              SecondaryExcitationFilter="a.a:ExFilter:a" IlluminationType="Transmitted" 
     74                        <ome:LogicalChannel ID="LogicalChannel:a" Name="Name9" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="Filter:a" 
     75                             SecondaryExcitationFilter="Filter:a" IlluminationType="Transmitted" 
    7676                             PinholeSize="2" PhotometricInterpretation="Monochrome" Mode="WideField" 
    7777                             ContrastMethod="Brightfield" ExWave="2" EmWave="2" Fluor="Fluor0" NdFilter="3.14159E0" 
    7878                             PockelCellSetting="0"> 
    79                             <ome:LightSourceRef ID="a.a:LightSource:a" Attenuation="0.50" Wavelength="2"/> 
    80                             <ome:OTFRef ID="a.a:OTF:a"/> 
    81                             <ome:DetectorRef ID="a.a:Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
     79                            <ome:LightSourceRef ID="LightSource:a" Attenuation="0.50" Wavelength="2"/> 
     80                            <ome:OTFRef ID="OTF:a"/> 
     81                            <ome:DetectorRef ID="Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
    8282                                 Binning="1x1"/> 
    83                             <ome:FilterRef ID="a.a:Filter:a"/> 
    84                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain0" Index="1"/> 
    85                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain1" Index="1"/> 
    86                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain2" Index="1"/> 
     83                            <ome:FilterSetRef ID="FilterSet:a"/> 
     84                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain0" Index="1"/> 
     85                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain1" Index="1"/> 
     86                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain2" Index="1"/> 
    8787                        </ome:LogicalChannel> 
    88                         <ome:DisplayOptions Zoom="3.14159E0" ID="a.a:DisplayOptions:a" Display="RGB"> 
     88                        <ome:DisplayOptions Zoom="3.14159E0" ID="DisplayOptions:a" Display="RGB"> 
    8989                            <ome:RedChannel ChannelNumber="0" BlackLevel="3.14159E0" WhiteLevel="3.14159E0" Gamma="3.14159E0" isOn="false"/> 
    9090                            <ome:GreenChannel ChannelNumber="0" BlackLevel="3.14159E0" WhiteLevel="3.14159E0" Gamma="3.14159E0" isOn="false"/> 
    … …  
    9292                            <ome:GreyChannel ColorMap="Greyscale" ChannelNumber="0" BlackLevel="3.14159E0" WhiteLevel="3.14159E0" Gamma="3.14159E0" 
    9393                                 isOn="false"/> 
    94                             <ome:Projection Zstart="0" Zstop="0"/> 
    95                             <ome:Time Tstart="0" Tstop="0"/> 
    96                             <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="a.a:ROI:a"/> 
     94                            <ome:Projection ZStart="0" ZStop="0"/> 
     95                            <ome:Time TStart="0" TStop="0"/> 
     96                            <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="ROI:a"/> 
    9797                        </ome:DisplayOptions> 
    9898                        <ome:StageLabel Name="Name10" X="3.14159E0" Y="3.14159E0" Z="3.14159E0"/> 
    99                         <spw:PlateRef ID="a.a:Plate:a" Well="A0" Sample="0"/> 
    100                         <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     99                        <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    101100                             SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    102101                             PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" WaveIncrement="2"> 
    … …  
    109108                            </ome:Plane> 
    110109                        </ome:Pixels> 
    111                         <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     110                        <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    112111                             SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    113112                             PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" WaveIncrement="2"> 
    … …  
    120119                            </ome:Plane> 
    121120                        </ome:Pixels> 
    122                         <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     121                        <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    123122                             SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    124123                             PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" WaveIncrement="2"> 
    … …  
    131130                            </ome:Plane> 
    132131                        </ome:Pixels> 
    133                         <ome:AcquiredPixelsRef ID="a.a:Pixels:a"/> 
    134                         <ome:Region Tag="Tag0" Name="Name11" ID="a.a:Region:a"> 
    135                             <ome:Region Tag="Tag1" Name="Name12" ID="a.a:Region:a"/> 
     132                        <ome:AcquiredPixelsRef ID="Pixels:a"/> 
     133                        <ome:Region Tag="Tag0" Name="Name11" ID="Region:a"> 
     134                            <ome:Region Tag="Tag1" Name="Name12" ID="Region:a"/> 
    136135                            <ca:CustomAttributes> 
    137136                            </ca:CustomAttributes> 
    … …  
    139138                        <ca:CustomAttributes> 
    140139                        </ca:CustomAttributes> 
    141                         <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="a.a:ROI:a"/> 
    142                         <ome:MicrobeamManipulation ID="a.a:MicrobeamManipulation:a" Type="FRAP Photoablation Photoactivation Uncaging"> 
    143                             <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    144                             <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    145                             <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    146                             <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    147                             <ome:LightSourceRef ID="a.a:LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
     140                        <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="ROI:a"/> 
     141                        <ome:MicrobeamManipulation ID="MicrobeamManipulation:a" Type="FRAP Photoablation Photoactivation Uncaging"> 
     142                            <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     143                            <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     144                            <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     145                            <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     146                            <ome:LightSourceRef ID="LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
    148147                        </ome:MicrobeamManipulation> 
    149148                    </ome:Image> 
    150149                </spw:ScreenImage> 
    151                 <spw:ScreenAcquisition ID="a.a:ScreenAcquisitation:a" EndTime="2006-05-04T18:13:51.0Z" StartTime="2006-05-04T18:13:51.0Z"> 
    152                     <spw:Screen ID="a.a:Screen:a" Name="Name13" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier2" ProtocolDescription="ProtocolDescription2" 
     150                <spw:ScreenAcquisition ID="ScreenAcquisition:a" EndTime="2006-05-04T18:13:51.0Z" StartTime="2006-05-04T18:13:51.0Z"> 
     151                    <spw:Screen ID="Screen:a" Name="Name13" ProtocolIdentifier="ProtocolIdentifier2" ProtocolDescription="ProtocolDescription2" 
    153152                         ReagentSetDescription="ReagentSetDescription2" ReagentSetIdentifier="ReagentSetIdentifier2" 
    154153                         Type="Type20"/> 
    155                     <spw:WellSample ID="a.a:WellSample:a" Index="0" PosX="0" PosY="0" Timepoint="0"> 
    156                         <spw:ScreenAcquisition ID="a.a:ScreenAcquisitation:a" EndTime="2006-05-04T18:13:51.0Z" StartTime="2006-05-04T18:13:51.0Z"/> 
    157                         <spw:Well ID="a.a:Well:a" Column="0" ExternalDescription="ExternalDescription0" ExternalIdentifier="ExternalIdentifier0" 
     154                    <spw:WellSample ID="WellSample:a" Index="0" PosX="0" PosY="0" Timepoint="0"> 
     155                        <spw:ScreenAcquisition ID="ScreenAcquisition:a" EndTime="2006-05-04T18:13:51.0Z" StartTime="2006-05-04T18:13:51.0Z"/> 
     156                        <spw:Well ID="Well:a" Column="0" ExternalDescription="ExternalDescription0" ExternalIdentifier="ExternalIdentifier0" 
    158157                             Row="0" Type="Type21"> 
    159                             <ome:Image ID="a.a:Image:a" Name="Name14" DefaultPixels="a.a:Pixels:a"> 
     158                            <ome:Image ID="Image:a" Name="Name14" DefaultPixels="Pixels:a"> 
    160159                                <ome:CreationDate>2006-05-04T18:13:51.0Z</ome:CreationDate> 
    161                                 <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
     160                                <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
    162161                                <ome:Description> 
    163162                                </ome:Description> 
    164                                 <ome:ExperimentRef ID="a.a:Experiment:a"/> 
    165                                 <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
    166                                 <ome:DatasetRef ID="a.a:Dataset:a"/> 
    167                                 <ome:InstrumentRef ID="a.a:Instrument:a"/> 
    168                                 <ome:ObjectiveSettingsRef ID="a.a:ObjectiveSettings:a"/> 
     163                                <ome:ExperimentRef ID="Experiment:a"/> 
     164                                <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
     165                                <ome:DatasetRef ID="Dataset:a"/> 
     166                                <ome:InstrumentRef ID="Instrument:a"/> 
     167                                <ome:ObjectiveSettingsRef ID="ObjectiveSettings:a"/> 
    169168                                <ome:ImagingEnvironment Temperature="3.14159E0" AirPressure="3.14159E0" Humidity="0.5" CO2Percent="0.5"/> 
    170169                                <ome:Thumbnail href="http://www.oxygenxml.com/" MIMEtype="MIMEtype1"> 
    171170                                </ome:Thumbnail> 
    172                                 <ome:LogicalChannel ID="a.a:LogicalChannel:a" Name="Name15" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="a.a:EmFilter:a" 
    173                                      SecondaryExcitationFilter="a.a:ExFilter:a" IlluminationType="Transmitted" 
     171                                <ome:LogicalChannel ID="LogicalChannel:a" Name="Name15" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="EmFilter:a" 
     172                                     SecondaryExcitationFilter="ExFilter:a" IlluminationType="Transmitted" 
    174173                                     PinholeSize="2" PhotometricInterpretation="Monochrome" Mode="WideField" 
    175174                                     ContrastMethod="Brightfield" ExWave="2" EmWave="2" Fluor="Fluor1" 
    176175                                     NdFilter="3.14159E0" PockelCellSetting="0"> 
    177                                     <ome:LightSourceRef ID="a.a:LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
    178                                     <ome:OTFRef ID="a.a:OTF:a"/> 
    179                                     <ome:DetectorRef ID="a.a:Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
     176                                    <ome:LightSourceRef ID="LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
     177                                    <ome:OTFRef ID="OTF:a"/> 
     178                                    <ome:DetectorRef ID="Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
    180179                                         Binning="1x1"/> 
    181                                     <ome:FilterRef ID="a.a:Filter:a"/> 
    182                                     <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain3" Index="1"/> 
    183                                     <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain4" Index="1"/> 
    184                                     <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain5" Index="1"/> 
     180                                    <ome:FilterRef ID="Filter:a"/> 
     181                                    <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain3" Index="1"/> 
     182                                    <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain4" Index="1"/> 
     183                                    <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain5" Index="1"/> 
    185184                                </ome:LogicalChannel> 
    186                                 <ome:DisplayOptions Zoom="3.14159E0" ID="a.a:DisplayOptions:a" Display="RGB"> 
     185                                <ome:DisplayOptions Zoom="3.14159E0" ID="DisplayOptions:a" Display="RGB"> 
    187186                                    <ome:RedChannel ChannelNumber="0" BlackLevel="3.14159E0" WhiteLevel="3.14159E0" Gamma="3.14159E0" isOn="false"/> 
    188187                                    <ome:GreenChannel ChannelNumber="0" BlackLevel="3.14159E0" WhiteLevel="3.14159E0" Gamma="3.14159E0" isOn="false"/> 
    … …  
    192191                                    <ome:Projection Zstart="0" Zstop="0"/> 
    193192                                    <ome:Time Tstart="0" Tstop="0"/> 
    194                                     <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="a.a:ROI:a"/> 
     193                                    <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="ROI:a"/> 
    195194                                </ome:DisplayOptions> 
    196195                                <ome:StageLabel Name="Name16" X="3.14159E0" Y="3.14159E0" Z="3.14159E0"/> 
    197                                 <spw:PlateRef ID="a.a:Plate:a" Well="A0" Sample="0"/> 
    198                                 <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     196                                <spw:PlateRef ID="Plate:a" Well="A0" Sample="0"/> 
     197                                <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    199198                                     SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    200199                                     PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" 
    … …  
    208207                                    </ome:Plane> 
    209208                                </ome:Pixels> 
    210                                 <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     209                                <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    211210                                     SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    212211                                     PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" 
    … …  
    220219                                    </ome:Plane> 
    221220                                </ome:Pixels> 
    222                                 <ome:Pixels ID="a.a:Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
     221                                <ome:Pixels ID="Pixels:a" DimensionOrder="XYZCT" PixelType="int8" BigEndian="false" SizeX="2" SizeY="2" SizeZ="2" 
    223222                                     SizeC="2" SizeT="2" PhysicalSizeX="3.14159E0" PhysicalSizeY="3.14159E0" 
    224223                                     PhysicalSizeZ="3.14159E0" TimeIncrement="3.14159E0" WaveStart="2" 
    … …  
    232231                                    </ome:Plane> 
    233232                                </ome:Pixels> 
    234                                 <ome:AcquiredPixelsRef ID="a.a:Pixels:a"/> 
    235                                 <ome:Region Tag="Tag2" Name="Name17" ID="a.a:Region:a"> 
    236                                     <ome:Region Tag="Tag3" Name="Name18" ID="a.a:Region:a"/> 
     233                                <ome:AcquiredPixelsRef ID="Pixels:a"/> 
     234                                <ome:Region Tag="Tag2" Name="Name17" ID="Region:a"> 
     235                                    <ome:Region Tag="Tag3" Name="Name18" ID="Region:a"/> 
    237236                                    <ca:CustomAttributes> 
    238237                                    </ca:CustomAttributes> 
    … …  
    240239                                <ca:CustomAttributes> 
    241240                                </ca:CustomAttributes> 
    242                                 <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="a.a:ROI:a"/> 
    243                                 <ome:MicrobeamManipulation ID="a.a:MicrobeamManipulation:a" Type="FRAP OpticalTrapping Other Photoactivation"> 
    244                                     <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    245                                     <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    246                                     <ome:ROIRef ID="a.a:ROI:a"/> 
    247                                     <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
    248                                     <ome:LightSourceRef ID="a.a:LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
     241                                <ome:ROI X0="0" Y0="0" Z0="0" T0="0" X1="0" Y1="0" Z1="0" T1="0" ID="ROI:a"/> 
     242                                <ome:MicrobeamManipulation ID="MicrobeamManipulation:a" Type="FRAP OpticalTrapping Other Photoactivation"> 
     243                                    <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     244                                    <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     245                                    <ome:ROIRef ID="ROI:a"/> 
     246                                    <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
     247                                    <ome:LightSourceRef ID="LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
    249248                                </ome:MicrobeamManipulation> 
    250249                            </ome:Image> 
    251                             <spw:WellSample ID="a.a:WellSample:a" Index="0" PosX="0" PosY="0" Timepoint="0"/> 
    252                             <spw:Plate ID="a.a:Plate:a" Name="Name19" Description="Description2" Status="Status2" ExternRef="ExternRef2"/> 
     250                            <spw:WellSample ID="WellSample:a" Index="0" PosX="0" PosY="0" Timepoint="0"/> 
     251                            <spw:Plate ID="Plate:a" Name="Name19" Description="Description2" Status="Status2" ExternRef="ExternRef2"/> 
    253252                            <spw:ReagentWell> 
    254                                 <spw:Reagent ID="a.a:Reagent:a" Description="Description3" Name="Name20" ReagentIdentifier="ReagentIdentifier0"> 
     253                                <spw:Reagent ID="Reagent:a" Description="Description3" Name="Name20" ReagentIdentifier="ReagentIdentifier0"> 
    255254                                    <spw:ReagentWell/> 
    256255                                </spw:Reagent> 
    257                                 <spw:Well ID="a.a:Well:a" Column="0" ExternalDescription="ExternalDescription1" ExternalIdentifier="ExternalIdentifier1" 
     256                                <spw:Well ID="Well:a" Column="0" ExternalDescription="ExternalDescription1" ExternalIdentifier="ExternalIdentifier1" 
    258257                                     Row="0" Type="Type24"/> 
    259258                            </spw:ReagentWell> 
    260259                        </spw:Well> 
    261260                    </spw:WellSample> 
    262                     <ome:Image ID="a.a:Image:a" Name="Name21" DefaultPixels="a.a:Pixels:a"> 
     261                    <ome:Image ID="Image:a" Name="Name21" DefaultPixels="Pixels:a"> 
    263262                        <ome:CreationDate>2006-05-04T18:13:51.0Z</ome:CreationDate> 
    264                         <ome:ExperimenterRef ID="a.a:Experimenter:a"/> 
     263                        <ome:ExperimenterRef ID="Experimenter:a"/> 
    265264                        <ome:Description> 
    266265                        </ome:Description> 
    267                         <ome:ExperimentRef ID="a.a:Experiment:a"/> 
    268                         <ome:GroupRef ID="a.a:Group:a"/> 
    269                         <ome:DatasetRef ID="a.a:Dataset:a"/> 
    270                         <ome:InstrumentRef ID="a.a:Instrument:a"/> 
    271                         <ome:ObjectiveSettingsRef ID="a.a:ObjectiveSettings:a"/> 
     266                        <ome:ExperimentRef ID="Experiment:a"/> 
     267                        <ome:GroupRef ID="Group:a"/> 
     268                        <ome:DatasetRef ID="Dataset:a"/> 
     269                        <ome:InstrumentRef ID="Instrument:a"/> 
     270                        <ome:ObjectiveSettingsRef ID="ObjectiveSettings:a"/> 
    272271                        <ome:ImagingEnvironment Temperature="3.14159E0" AirPressure="3.14159E0" Humidity="0.5" CO2Percent="0.5"/> 
    273272                        <ome:Thumbnail href="http://www.oxygenxml.com/" MIMEtype="MIMEtype2"> 
    274273                        </ome:Thumbnail> 
    275                         <ome:LogicalChannel ID="a.a:LogicalChannel:a" Name="Name22" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="a.a:EmFilter:a" 
    276                              SecondaryExcitationFilter="a.a:ExFilter:a" IlluminationType="Transmitted" 
     274                        <ome:LogicalChannel ID="LogicalChannel:a" Name="Name22" SamplesPerPixel="0" SecondaryEmmisionFilter="EmFilter:a" 
     275                             SecondaryExcitationFilter="ExFilter:a" IlluminationType="Transmitted" 
    277276                             PinholeSize="2" PhotometricInterpretation="Monochrome" Mode="WideField" 
    278277                             ContrastMethod="Brightfield" ExWave="2" EmWave="2" Fluor="Fluor2" NdFilter="3.14159E0" 
    279278                             PockelCellSetting="0"> 
    280                             <ome:LightSourceRef ID="a.a:LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
    281                             <ome:OTFRef ID="a.a:OTF:a"/> 
    282                             <ome:DetectorRef ID="a.a:Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
     279                            <ome:LightSourceRef ID="LightSource:a" Attenuation="0.5" Wavelength="2"/> 
     280                            <ome:OTFRef ID="OTF:a"/> 
     281                            <ome:DetectorRef ID="Detector:a" Offset="3.14159E0" Gain="3.14159E0" Voltage="3.14159E0" ReadOutRate="3.14159E0" 
    283282                                 Binning="1x1"/> 
    284                             <ome:FilterRef ID="a.a:Filter:a"/> 
    285                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain6" Index="1"/> 
    286                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain7" Index="1"/> 
    287                             <ome:ChannelComponent Pixels="a.a:Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain8" Index="1"/> 
     283                            <ome:FilterRef ID="Filter:a"/> 
     284                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain6" Index="1"/> 
     285                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain7" Index="1"/> 
     286                            <ome:ChannelComponent Pixels="Pixels:a" ColorDomain="ColorDomain8" Index="1"/> 
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    … …  
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    … …  
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    … …  
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    … …  
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