• Login
  • Help/Guide
  • About Trac
  • Preferences
  • Wiki
  • Timeline
  • Roadmap
  • Browse Source
  • View Tickets
  • Search

Context Navigation

  • ← Previous Change
  • Next Change →

Changeset 192 for Xml/Working

Show
Ignore:
Timestamp:
07/16/08 13:59:26 (5 months ago)
Author:
andrew
Message:

Added first version of annotations used in omero.

Location:
Xml/Working
Files:
1 added
2 modified

  • SA.xsd (modified) (4 diffs)
  • roi-sa-sample.xml (added)
  • roi-sample.xml (modified) (2 diffs)

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • Xml/Working/SA.xsd

    r191 r192  
    2828                <xsd:complexType> 
    2929                        <xsd:choice minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"> 
     30                                <xsd:element ref="SvgAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3031                                <xsd:element ref="FileAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    31                                 <xsd:element ref="SvgAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     32                                <xsd:element ref="ListAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     33                                <xsd:element ref="TextAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     34                                <xsd:element ref="LongAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     35                                <xsd:element ref="DoubleAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     36                                <xsd:element ref="BooleanAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     37                                <xsd:element ref="TimestampAnnotation" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    3238                        </xsd:choice> 
    3339                </xsd:complexType> 
    … …  
    3541        <xsd:complexType name="CommonAnnotation"> 
    3642                <xsd:sequence> 
    37                         <xsd:element name="Link" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"> 
    38                                 <xsd:simpleType> 
    39                                         <xsd:restriction base="OME:LSID"/> 
    40                                 </xsd:simpleType> 
    41                         </xsd:element> 
     43                        <xsd:element ref="Link" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/> 
    4244                </xsd:sequence> 
    4345                <xsd:attribute name="ID" use="required" type="AnnotationID"></xsd:attribute> 
     46                <xsd:attribute name="Namespace" use="required" type="xsd:anyURI"></xsd:attribute> 
    4447        </xsd:complexType> 
     48        <xsd:element name="Link"> 
     49                <xsd:simpleType> 
     50                        <xsd:restriction base="OME:LSID"/> 
     51                </xsd:simpleType> 
     52        </xsd:element> 
    4553        <xsd:simpleType name="AnnotationID"> 
    4654                <xsd:restriction base="OME:LSID"> 
    … …  
    5260                        <xsd:complexContent> 
    5361                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
    54                                         <xsd:choice> 
    55                                                 <xsd:element ref="Bin:BinData" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    56                                                 <xsd:element name="ExternalFile" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
    57                                         </xsd:choice> 
    58                                         <xsd:attribute name="MimeType"/> 
    59                                         <xsd:attribute name="FileName"/> 
     62                                        <xsd:sequence> 
     63                                                <xsd:element name="FileName" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     64                                                <xsd:element name="MimeType" minOccurs="0" maxOccurs="1"/>       
     65                                                <xsd:choice> 
     66                                                        <xsd:element ref="Bin:BinData" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     67                                                        <xsd:element name="ExternalFile" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     68                                                </xsd:choice> 
     69                                        </xsd:sequence> 
    6070                                </xsd:extension> 
    61                         </xsd:complexContent> 
     71                        </xsd:complexContent>  
    6272                </xsd:complexType> 
    6373        </xsd:element> 
    … …  
    6676                        <xsd:complexContent> 
    6777                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
    68                                         <xsd:attribute name="color"/> 
    69                                         <xsd:attribute name="line-width"/> 
     78                                        <xsd:attribute name="fill" use="optional" type="xsd:string"/> 
     79                                        <xsd:attribute name="fill-opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
     80                                        <xsd:attribute name="fill-rule" use="optional" type="xsd:string"/> 
     81                                        <xsd:attribute name="stroke" use="optional" type="xsd:string"/> 
     82                                        <xsd:attribute name="stroke-opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
     83                                        <xsd:attribute name="stroke-width" use="optional" type="xsd:string"/> 
     84                                        <xsd:attribute name="stroke-dashoffset" use="optional" type="xsd:string"/> 
     85                                        <xsd:attribute name="stroke-dasharray" use="optional" type="xsd:string"/> 
     86                                        <xsd:attribute name="stroke-linecap" use="optional" type="xsd:string"/> 
     87                                        <xsd:attribute name="stroke-linejoin" use="optional" type="xsd:string"/> 
     88                                        <xsd:attribute name="stroke-miterlimit" use="optional" type="xsd:string"/> 
     89                                        <xsd:attribute name="color-interpolation" use="optional" type="xsd:string"/> 
     90                                        <xsd:attribute name="color-rendering" use="optional" type="xsd:string"/> 
     91                                        <xsd:attribute name="opacity" use="optional" type="xsd:string"/> 
     92                                        <xsd:attribute name="marker-end" use="optional" type="xsd:string"/> 
     93                                        <xsd:attribute name="font-family" use="optional" type="xsd:string"/> 
     94                                        <xsd:attribute name="font-size" use="optional" type="xsd:string"/> 
     95                                        <xsd:attribute name="font-adjust" use="optional" type="xsd:string"/> 
     96                                        <xsd:attribute name="font-strech" use="optional" type="xsd:string"/> 
     97                                        <xsd:attribute name="font-style" use="optional" type="xsd:string"/> 
     98                                        <xsd:attribute name="font-variant" use="optional" type="xsd:string"/> 
     99                                        <xsd:attribute name="font-weight" use="optional" type="xsd:string"/> 
     100                                        <xsd:attribute name="alignment-baseline" use="optional" type="xsd:string"/> 
     101                                        <xsd:attribute name="baseline-shift" use="optional" type="xsd:string"/> 
     102                                        <xsd:attribute name="direction" use="optional" type="xsd:string"/> 
     103                                        <xsd:attribute name="dominant-baseline" use="optional" type="xsd:string"/> 
     104                                        <xsd:attribute name="glyph-orientation-horizontal" use="optional" type="xsd:string"/> 
     105                                        <xsd:attribute name="glyph-orientation-vertical" use="optional" type="xsd:string"/> 
     106                                        <xsd:attribute name="kerning" use="optional" type="xsd:string"/> 
     107                                        <xsd:attribute name="letter-spacing" use="optional" type="xsd:string"/> 
     108                                        <xsd:attribute name="text-anchor" use="optional" type="xsd:string"/> 
     109                                        <xsd:attribute name="text-decoration" use="optional" type="xsd:string"/> 
     110                                        <xsd:attribute name="unicode-bidi" use="optional" type="xsd:string"/> 
     111                                        <xsd:attribute name="word-spacing" use="optional" type="xsd:string"/> 
     112                                        <xsd:attribute name="rotate" use="optional" type="xsd:string"/> 
     113                                </xsd:extension> 
     114                        </xsd:complexContent> 
     115                </xsd:complexType> 
     116        </xsd:element> 
     117        <xsd:element name="ListAnnotation"> 
     118                <xsd:complexType> 
     119                        <xsd:complexContent> 
     120                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     121                                        <xsd:sequence> 
     122                                                <xsd:element name="List"> 
     123                                                        <xsd:complexType> 
     124                                                                <xsd:sequence> 
     125                                                                        <xsd:element ref="Link" minOccurs="1" maxOccurs="unbounded"/> 
     126                                                                </xsd:sequence> 
     127                                                        </xsd:complexType> 
     128                                                </xsd:element> 
     129                                        </xsd:sequence> 
     130                                </xsd:extension> 
     131                        </xsd:complexContent> 
     132                </xsd:complexType> 
     133        </xsd:element> 
     134        <xsd:element name="TextAnnotation"> 
     135                <xsd:complexType> 
     136                        <xsd:complexContent> 
     137                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     138                                        <xsd:sequence> 
     139                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:string"/> 
     140                                                <xsd:element name="TextType" type="xsd:string"/> 
     141                                        </xsd:sequence> 
     142                                </xsd:extension> 
     143                        </xsd:complexContent> 
     144                </xsd:complexType> 
     145        </xsd:element> 
     146        <xsd:element name="LongAnnotation"> 
     147                <xsd:complexType> 
     148                        <xsd:complexContent> 
     149                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     150                                        <xsd:sequence> 
     151                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:long"/> 
     152                                        </xsd:sequence> 
     153                                </xsd:extension> 
     154                        </xsd:complexContent> 
     155                </xsd:complexType> 
     156        </xsd:element> 
     157        <xsd:element name="DoubleAnnotation"> 
     158                <xsd:complexType> 
     159                        <xsd:complexContent> 
     160                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     161                                        <xsd:sequence> 
     162                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:double"/> 
     163                                        </xsd:sequence> 
     164                                </xsd:extension> 
     165                        </xsd:complexContent> 
     166                </xsd:complexType> 
     167        </xsd:element> 
     168        <xsd:element name="BooleanAnnotation"> 
     169                <xsd:complexType> 
     170                        <xsd:complexContent> 
     171                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     172                                        <xsd:sequence> 
     173                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:boolean"/> 
     174                                        </xsd:sequence> 
     175                                </xsd:extension> 
     176                        </xsd:complexContent> 
     177                </xsd:complexType> 
     178        </xsd:element>   
     179        <xsd:element name="TimestampAnnotation"> 
     180                <xsd:complexType> 
     181                        <xsd:complexContent> 
     182                                <xsd:extension base="CommonAnnotation"> 
     183                                        <xsd:sequence> 
     184                                                <xsd:element name="Value" type="xsd:dateTime"/> 
     185                                        </xsd:sequence> 
    70186                                </xsd:extension> 
    71187                        </xsd:complexContent> 

  • Xml/Working/roi-sample.xml

    r191 r192  
    5050        </ome:Image> 
    5151        <sa:StructuredAnnotations> 
    52                 <sa:FileAnnotation ID="Annotation:1" FileName="file.txt" MimeType="text/plain"> 
    53                         <sa:Link>Shape:5</sa:Link> 
    54                         <sa:ExternalFile>roi-sample-annotations/file.txt</sa:ExternalFile> 
    55                 </sa:FileAnnotation> 
    56                 <sa:FileAnnotation ID="Annotation:2" FileName="report.pdf" MimeType="application/pdf"> 
    57                         <sa:Link>Image:1</sa:Link> 
    58                         <sa:ExternalFile>roi-sample-annotations/report.pdf</sa:ExternalFile> 
    59                 </sa:FileAnnotation> 
    60                 <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:3" color="green" line-width="2"> 
     52                <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:3" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg"  
     53                        fill-opacity="0.25098039215686274" fill-rule="evenodd" stroke="#c4c4c4" 
     54                        stroke-dashoffset="0" stroke-linecap="butt" stroke-linejoin="miter" 
     55                        stroke-miterlimit="3" stroke-opacity="0.7686274509803922" stroke-width="1" 
     56                        > 
    6157                        <sa:Link>Shape:5</sa:Link> 
    6258                        <sa:Link>Shape:4</sa:Link> 
    … …  
    6460                        <sa:Link>Shape:2</sa:Link> 
    6561                </sa:SvgAnnotation> 
    66                 <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:4" color="red" line-width="3"> 
     62                <sa:SvgAnnotation ID="Annotation:4" Namespace="ome:omero:insight:roi:svg" 
     63                        fill="#c4c4c4" fill-opacity="0.7686274509803922" 
     64                        font-family="Verdana" font-size="12" font-style="normal"  
     65                        font-variant="normal" font-weight="normal" 
     66                        > 
    6767                        <sa:Link>Shape:1</sa:Link> 
    6868                </sa:SvgAnnotation> 
    69                 <sa:FileAnnotation ID="Annotation:5" FileName="file2.txt" MimeType="text/plain"> 
    70                         <sa:Link>Shape:5</sa:Link> 
    71                         <bf:BinData Compression="none" Length="12">ZGVmYXVsdA==</bf:BinData> 
    72                 </sa:FileAnnotation> 
    7369        </sa:StructuredAnnotations> 
    7470</ome:OME> 

Download in other formats:

  • Unified Diff
  • Zip Archive
Trac Powered

Powered by Trac 0.11
By Edgewall Software.

Visit the Trac open source project at
http://trac.edgewall.org/