• Login
  • Help/Guide
  • About Trac
  • Preferences
  • Wiki
  • Timeline
  • Roadmap
  • Browse Source
  • View Tickets
  • Search

Context Navigation

  • ← Previous Change
  • Next Change →

Changeset 195 for Xml/Working/CLI.xsd

Show
Ignore:
Timestamp:
09/10/08 12:03:10 (4 months ago)
Author:
andrew
Message:

Version presented in meeting 10th Sept 2008

Files:
1 modified

  • Xml/Working/CLI.xsd (modified) (2 diffs)

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • Xml/Working/CLI.xsd

    r153 r195  
    1616        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1717--> 
    18 <schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
     18<xsd:schema xmlns:xsd = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    1919        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CLI/2008-02" 
    2020        xmlns:CLI = "http://www.openmicroscopy.org/Schemas/CLI/2008-02" 
    … …  
    2222        version = "1" 
    2323        elementFormDefault = "qualified"> 
    24         <import namespace="http://www.w3.org/XML/1998/namespace" schemaLocation="http://www.w3.org/2001/xml.xsd"/> 
    25         <annotation> 
    26                 <documentation> 
     24        <xsd:import namespace="http://www.w3.org/XML/1998/namespace" schemaLocation="http://www.w3.org/2001/xml.xsd"/> 
     25        <xsd:annotation> 
     26                <xsd:documentation> 
    2727                        Open Microscopy Environment 
    2828                        Command Line Interface XML Schema 
    2929                        Author:  Josiah Johnston, Andrew J Patterson 
    30                 </documentation> 
    31         </annotation> 
    32         <attributeGroup name = "InputLocation"> 
    33                 <attribute name = "Location" use = "required" type = "string"> 
    34                         <annotation> 
    35                                 <documentation>This specifies where to find a piece of data by FormalInputName and SemanticElementName. i.e. To reference Semantic element 'bar' from Formal Input 'foo', Location="foo.bar" </documentation> 
    36                         </annotation> 
    37                 </attribute> 
    38         </attributeGroup> 
    39         <attributeGroup name = "OutputLocation"> 
    40                 <attribute name = "Location" use = "required" type = "string"> 
    41                         <annotation> 
    42                                 <documentation>This specifies where to find a piece of data by FormalOutputName and SemanticElementName. i.e. To reference Semantic element 'bar' from Formal Output 'foo', Location="foo.bar"</documentation> 
    43                         </annotation> 
    44                 </attribute> 
    45         </attributeGroup> 
    46         <element name = "ExecutionInstructions"> 
    47                 <annotation> 
    48                         <documentation>Tied to DB. Table PROGRAMS Column EXECUTION 
    49                         </documentation> 
    50                 </annotation> 
    51                 <complexType> 
    52                         <sequence> 
    53                                 <element ref = "CLI:CommandLine" minOccurs = "0"/> 
    54                                 <element ref = "CLI:STDIN" minOccurs = "0"/> 
    55                                 <element ref = "CLI:STDOUT" minOccurs = "0"/> 
    56                         </sequence> 
    57                         <attribute name = "ExecutionPoint" use = "required"> 
    58                                 <annotation> 
    59                                         <documentation>Assigns a execution point for the analysis. 
    60                                         </documentation> 
    61                                 </annotation> 
    62                                 <simpleType> 
    63                                         <restriction base = "string"> 
    64                                                 <enumeration value = "executeGlobal"/> 
    65                                                 <enumeration value = "startDataset"/> 
    66                                                 <enumeration value = "startImage"/> 
    67                                                 <enumeration value = "startRegion"/> 
    68                                                 <enumeration value = "finishRegion"/> 
    69                                                 <enumeration value = "finishImage"/> 
    70                                                 <enumeration value = "finishDataset"/> 
    71                                         </restriction> 
    72                                 </simpleType> 
    73                         </attribute> 
    74                         <attribute name = "MakesNewRegion" default = "false" type = "boolean"/> 
    75                 </complexType> 
    76         </element> 
    77         <element name = "CommandLine"> 
    78                 <annotation> 
    79                         <documentation>This describes the string that will be passed to a command line program via command line parameters. The command line handler will perform basic variable substitution on sub elements of this. 
     30                </xsd:documentation> 
     31        </xsd:annotation> 
     32        <xsd:attributeGroup name = "InputLocation"> 
     33                <xsd:attribute name = "Location" use = "required" type = "xsd:string"> 
     34                        <xsd:annotation> 
     35                                <xsd:documentation>This specifies where to find a piece of data by FormalInputName and SemanticElementName. i.e. To reference Semantic element 'bar' from Formal Input 'foo', Location="foo.bar" </xsd:documentation> 
     36                        </xsd:annotation> 
     37                </xsd:attribute> 
     38        </xsd:attributeGroup> 
     39        <xsd:attributeGroup name = "OutputLocation"> 
     40                <xsd:attribute name = "Location" use = "required" type = "xsd:string"> 
     41                        <xsd:annotation> 
     42                                <xsd:documentation>This specifies where to find a piece of data by FormalOutputName and SemanticElementName. i.e. To reference Semantic element 'bar' from Formal Output 'foo', Location="foo.bar"</xsd:documentation> 
     43                        </xsd:annotation> 
     44                </xsd:attribute> 
     45        </xsd:attributeGroup> 
     46        <xsd:element name = "ExecutionInstructions"> <!-- top level definition --> 
     47                <xsd:annotation> 
     48                        <xsd:documentation>Tied to DB. Table PROGRAMS Column EXECUTION 
     49                        </xsd:documentation> 
     50                </xsd:annotation> 
     51                <xsd:complexType> 
     52                        <xsd:sequence> 
     53                                <xsd:element ref = "CLI:CommandLine" minOccurs = "0" maxOccurs="1"/> 
     54                                <xsd:element ref = "CLI:STDIN" minOccurs = "0" maxOccurs="1"/> 
     55                                <xsd:element ref = "CLI:STDOUT" minOccurs = "0" maxOccurs="1"/> 
     56                        </xsd:sequence> 
     57                        <xsd:attribute name = "ExecutionPoint" use = "required"> 
     58                                <xsd:annotation> 
     59                                        <xsd:documentation>Assigns a execution point for the analysis. 
     60                                        </xsd:documentation> 
     61                                </xsd:annotation> 
     62                                <xsd:simpleType> 
     63                                        <xsd:restriction base = "xsd:string"> 
     64                                                <xsd:enumeration value = "executeGlobal"/> 
     65                                                <xsd:enumeration value = "startDataset"/> 
     66                                                <xsd:enumeration value = "startImage"/> 
     67                                                <xsd:enumeration value = "startRegion"/> 
     68                                                <xsd:enumeration value = "finishRegion"/> 
     69                                                <xsd:enumeration value = "finishImage"/> 
     70                                                <xsd:enumeration value = "finishDataset"/> 
     71                                        </xsd:restriction> 
     72                                </xsd:simpleType> 
     73                        </xsd:attribute> 
     74                        <xsd:attribute name = "MakesNewRegion" default = "false" use="optional" type = "xsd:boolean"/> 
     75                </xsd:complexType> 
     76        </xsd:element> 
     77        <xsd:element name = "CommandLine"> <!-- top level definition --> 
     78                <xsd:annotation> 
     79                        <xsd:documentation>This describes the string that will be passed to a command line program via command line parameters. The command line handler will perform basic variable substitution on sub elements of this. 
    8080Example: 
    8181when you use the program, you type: /OME/bin/OME_Image_XYZ_stats Path=[path to repository file] Dims=[X],[Y],[Z],[W],[T],[BytesPerPix] 
    8282XML specification of the command line parameters is: 
    8383&lt;CommandLine>Path=&lt;RawImageFilePath/> Dims=&lt;sizeX/>,&lt;sizeY/>,&lt;sizeZ/>,&lt;sizeW/>,&lt;sizeT/>,&lt;BPP/>&lt;/CommandLine> 
    84                         </documentation> 
    85                 </annotation> 
    86                 <complexType> 
    87                         <sequence> 
    88                                 <element ref = "CLI:Parameter" minOccurs = "0" maxOccurs = "unbounded"/> 
    89                         </sequence> 
    90                 </complexType> 
    91                 <unique name = "CommandLine_XYPlaneID"> 
    92                         <selector xpath = ".//CLI:XYPlane"/> 
    93                         <field xpath = "@XYPlaneID"/> 
    94                 </unique> 
    95                 <keyref name = "CommandLine_XYPlaneID_Ref" refer = "CLI:CommandLine_XYPlaneID"> 
    96                         <selector xpath = ".//CLI:Match"/> 
    97                         <field xpath = "@XYPlaneID"/> 
    98                 </keyref> 
    99         </element> 
    100         <element name = "STDIN"> 
    101                 <annotation> 
    102                         <documentation>This specifies what and how to write to STDIN. 
     84                        </xsd:documentation> 
     85                </xsd:annotation> 
     86                <xsd:complexType> 
     87                        <xsd:sequence> 
     88                                <xsd:element ref = "CLI:Parameter" minOccurs = "0" maxOccurs = "unbounded"/> 
     89                        </xsd:sequence> 
     90                </xsd:complexType> 
     91                <xsd:unique name = "CommandLine_XYPlaneID"> 
     92                        <xsd:selector xpath = ".//CLI:XYPlane"/> 
     93                        <xsd:field xpath = "@XYPlaneID"/> 
     94                </xsd:unique> 
     95                <xsd:keyref name = "CommandLine_XYPlaneID_Ref" refer = "CLI:CommandLine_XYPlaneID"> 
     96                        <xsd:selector xpath = ".//CLI:Match"/> 
     97                        <xsd:field xpath = "@XYPlaneID"/> 
     98                </xsd:keyref> 
     99        </xsd:element> 
     100        <xsd:element name = "STDIN">  <!-- top level definition --> 
     101                <xsd:annotation> 
     102                        <xsd:documentation>This specifies what and how to write to STDIN. 
    103103Currently this is still in development. I would STRONGLY recommend contacting Josiah &lt;siah@nih.gov> before coding against it. 
    104                         </documentation> 
    105                 </annotation> 
    106                 <complexType> 
    107                         <sequence> 
    108                                 <element ref = "CLI:InputRecord" maxOccurs = "unbounded"/> 
    109                         </sequence> 
    110                 </complexType> 
    111         </element> 
    112         <element name = "STDOUT"> 
    113                 <annotation> 
    114                         <documentation>This specifies what and how to read STDOUT. 
    115                         </documentation> 
    116                 </annotation> 
    117                 <complexType> 
    118                         <sequence> 
    119                                 <element ref = "CLI:OutputRecord" maxOccurs = "unbounded"/> 
    120                         </sequence> 
    121                 </complexType> 
    122         </element> 
    123         <element name = "Input"> 
    124                 <annotation> 
    125                         <documentation>References a particular column in a FormalInput. Used for variable substitution.</documentation> 
    126                 </annotation> 
    127                 <complexType> 
    128                         <attributeGroup ref = "CLI:InputLocation"/> 
    129                         <attribute name = "DivideBy" type = "string"/> 
    130                         <attribute name = "MultiplyBy" type = "string"/> 
    131                 </complexType> 
    132         </element> 
    133         <element name = "Output"> 
    134                 <annotation> 
    135                         <documentation>References a particular column of a FormalOutput.</documentation> 
    136                 </annotation> 
    137                 <complexType> 
    138                         <sequence> 
    139                                 <element ref = "CLI:OutputTo" maxOccurs = "unbounded"/> 
    140                         </sequence> 
    141                         <attribute name = "AccessBy" use = "required" type = "integer"> 
    142                                 <annotation> 
    143                                         <documentation>Describes how to access information extracted using a regular expression. Examples are 1, 2, 3, ...</documentation> 
    144                                 </annotation> 
    145                         </attribute> 
    146                 </complexType> 
    147         </element> 
    148         <element name = "theZ"> 
    149                 <annotation> 
    150                         <documentation>Describes how the Z constraints of the XY plane should be produced or acquired.</documentation> 
    151                 </annotation> 
    152                 <complexType> 
    153                         <choice> 
    154                                 <element ref = "CLI:AutoIterate"/> 
    155                                 <element ref = "CLI:UseValue"/> 
    156                                 <element ref = "CLI:IterateRange"/> 
    157                                 <element ref = "CLI:Match"/> 
    158                         </choice> 
    159                 </complexType> 
    160         </element> 
    161         <element name = "theW"> 
    162                 <annotation> 
    163                         <documentation>Describes how the wavenumber constraints of the XY plane should be produced or acquired.</documentation> 
    164                 </annotation> 
    165                 <complexType> 
    166                         <choice> 
    167                                 <element ref = "CLI:AutoIterate"/> 
    168                                 <element ref = "CLI:UseValue"/> 
    169                                 <element ref = "CLI:IterateRange"/> 
    170                                 <element ref = "CLI:Match"/> 
    171                         </choice> 
    172                 </complexType> 
    173         </element> 
    174         <element name = "theT"> 
    175                 <annotation> 
    176                         <documentation>Describes how the time constraints of the XY plane should be produced or acquired.</documentation> 
    177                 </annotation> 
    178                 <complexType> 
    179                         <choice> 
    180                                 <element ref = "CLI:AutoIterate"/> 
    181                                 <element ref = "CLI:UseValue"/> 
    182                                 <element ref = "CLI:IterateRange"/> 
    183                                 <element ref = "CLI:Match"/> 
    184                         </choice> 
    185                 </complexType> 
    186         </element> 
    187         <element name = "XYPlane"> 
    188                 <annotation> 
    189                         <documentation>Describes an XY plane. Used with variable substitution. This will be substituted with a dynamically generated plane.</documentation> 
    190                 </annotation> 
    191                 <complexType> 
    192                         <sequence> 
    193                                 <element ref = "CLI:theZ"/> 
    194                                 <element ref = "CLI:theT"/> 
    195                                 <element ref = "CLI:theW"/> 
    196                         </sequence> 
    197                         <attribute name = "BPP"> 
    198                                 <annotation> 
    199                                         <documentation>Specifies bits per pixel (BPP) the module is expecting. If the program can deal with either 8 or 16 bit images, leave this out or specify 16. Both of these result in the BPP of the image being used. That is, if the image is 8 bits, the module will get an 8 bits per pixel. If the image is 16 bits, the module will get 16 bits per pixel. 
     104                        </xsd:documentation> 
     105                </xsd:annotation> 
     106                <xsd:complexType> 
     107                        <xsd:sequence> 
     108                                <xsd:element ref = "CLI:InputRecord" minOccurs="1" maxOccurs = "unbounded"/> 
     109                        </xsd:sequence> 
     110                </xsd:complexType> 
     111        </xsd:element> 
     112        <xsd:element name = "STDOUT"> <!-- top level definition --> 
     113                <xsd:annotation> 
     114                        <xsd:documentation>This specifies what and how to read STDOUT. 
     115                        </xsd:documentation> 
     116                </xsd:annotation> 
     117                <xsd:complexType> 
     118                        <xsd:sequence> 
     119                                <xsd:element ref = "CLI:OutputRecord" minOccurs="1" maxOccurs = "unbounded"/> 
     120                        </xsd:sequence> 
     121                </xsd:complexType> 
     122        </xsd:element> 
     123        <xsd:element name = "Input"> <!-- top level definition --> 
     124                <xsd:annotation> 
     125                        <xsd:documentation>References a particular column in a FormalInput. Used for variable substitution.</xsd:documentation> 
     126                </xsd:annotation> 
     127                <xsd:complexType> 
     128                        <xsd:attributeGroup ref = "CLI:InputLocation"/> 
     129                        <xsd:attribute name = "DivideBy" use="optional" type = "xsd:string"/> 
     130                        <xsd:attribute name = "MultiplyBy" use="optional" type = "xsd:string"/> 
     131                </xsd:complexType> 
     132        </xsd:element> 
     133        <xsd:element name = "Output"> <!-- top level definition --> 
     134                <xsd:annotation> 
     135                        <xsd:documentation>References a particular column of a FormalOutput.</xsd:documentation> 
     136                </xsd:annotation> 
     137                <xsd:complexType> 
     138                        <xsd:sequence> 
     139                                <xsd:element ref = "CLI:OutputTo" minOccurs="1" maxOccurs = "unbounded"/> 
     140                        </xsd:sequence> 
     141                        <xsd:attribute name = "AccessBy" use = "required" type = "xsd:integer"> 
     142                                <xsd:annotation> 
     143                                        <xsd:documentation>Describes how to access information extracted using a regular expression. Examples are 1, 2, 3, ...</xsd:documentation> 
     144                                </xsd:annotation> 
     145                        </xsd:attribute> 
     146                </xsd:complexType> 
     147        </xsd:element> 
     148        <xsd:element name = "theZ"> <!-- top level definition --> 
     149                <xsd:annotation> 
     150                        <xsd:documentation>Describes how the Z constraints of the XY plane should be produced or acquired.</xsd:documentation> 
     151                </xsd:annotation> 
     152                <xsd:complexType> 
     153                        <xsd:choice minOccurs="1" maxOccurs="1"> 
     154                                <xsd:element ref = "CLI:AutoIterate" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     155                                <xsd:element ref = "CLI:UseValue" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     156                                <xsd:element ref = "CLI:IterateRange" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     157                                <xsd:element ref = "CLI:Match" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     158                        </xsd:choice> 
     159                </xsd:complexType> 
     160        </xsd:element> 
     161        <xsd:element name = "theW"> <!-- top level definition --> 
     162                <xsd:annotation> 
     163                        <xsd:documentation>Describes how the wavenumber constraints of the XY plane should be produced or acquired.</xsd:documentation> 
     164                </xsd:annotation> 
     165                <xsd:complexType> 
     166                        <xsd:choice minOccurs="1" maxOccurs="1"> 
     167                                <xsd:element ref = "CLI:AutoIterate" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     168                                <xsd:element ref = "CLI:UseValue" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     169                                <xsd:element ref = "CLI:IterateRange" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     170                                <xsd:element ref = "CLI:Match" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     171                        </xsd:choice> 
     172                </xsd:complexType> 
     173        </xsd:element> 
     174        <xsd:element name = "theT"> <!-- top level definition --> 
     175                <xsd:annotation> 
     176                        <xsd:documentation>Describes how the time constraints of the XY plane should be produced or acquired.</xsd:documentation> 
     177                </xsd:annotation> 
     178                <xsd:complexType> 
     179                        <xsd:choice minOccurs="1" maxOccurs="1"> 
     180                                <xsd:element ref = "CLI:AutoIterate" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     181                                <xsd:element ref = "CLI:UseValue" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     182                                <xsd:element ref = "CLI:IterateRange" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     183                                <xsd:element ref = "CLI:Match" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     184                        </xsd:choice> 
     185                </xsd:complexType> 
     186        </xsd:element> 
     187        <xsd:element name = "XYPlane"> <!-- top level definition --> 
     188                <xsd:annotation> 
     189                        <xsd:documentation>Describes an XY plane. Used with variable substitution. This will be substituted with a dynamically generated plane.</xsd:documentation> 
     190                </xsd:annotation> 
     191                <xsd:complexType> 
     192                        <xsd:sequence> 
     193                                <xsd:element ref = "CLI:theZ" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     194                                <xsd:element ref = "CLI:theT" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     195                                <xsd:element ref = "CLI:theW" minOccurs="1" maxOccurs="1"/> 
     196                        </xsd:sequence> 
     197                        <xsd:attribute name = "BPP" use="optional"> 
     198                                <xsd:annotation> 
     199                                        <xsd:documentation>Specifies bits per pixel (BPP) the module is expecting. If the program can deal with either 8 or 16 bit images, leave this out or specify 16. Both of these result in the BPP of the image being used. That is, if the image is 8 bits, the module will get an 8 bits per pixel. If the image is 16 bits, the module will get 16 bits per pixel. 
    200200Currently, only native image pixels are supported. 
    201                                         </documentation> 
    202                                 </annotation> 
    203                                 <simpleType> 
    204                                         <restriction base = "integer"> 
    205                                                 <enumeration value = "8"/> 
    206                                                 <enumeration value = "16"/> 
    207                                         </restriction> 
    208                                 </simpleType> 
    209                         </attribute> 
    210                         <attribute name = "Format"> 
    211                                 <annotation> 
    212                                         <documentation>Specifies the expected format of the plane. 
     201                                        </xsd:documentation> 
     202                                </xsd:annotation> 
     203                                <xsd:simpleType> 
     204                                        <xsd:restriction base = "xsd:integer"> 
     205                                                <xsd:enumeration value = "8"/> 
     206                                                <xsd:enumeration value = "16"/> 
     207                                        </xsd:restriction> 
     208                                </xsd:simpleType> 
     209                        </xsd:attribute> 
     210                        <xsd:attribute name = "Format" use="optional"> 
     211                                <xsd:annotation> 
     212                                        <xsd:documentation>Specifies the expected format of the plane. 
    213213RAW corresponds to OME repository format of pixel dump. 
    214214TIFF corresponds to TIFF files. 
    215215Currently only TIFF is supported. 
    216                                         </documentation> 
    217                                 </annotation> 
    218                                 <simpleType> 
    219                                         <restriction base = "string"> 
    220                                                 <enumeration value = "RAW"/> 
    221                                                 <enumeration value = "TIFF"/> 
    222                                         </restriction> 
    223                                 </simpleType> 
    224                         </attribute> 
    225                         <attribute name = "XYPlaneID" type = "string"> 
    226                                 <annotation> 
    227                                         <documentation>Needed if you need another plane to match indexes. Referenced by the Match element.</documentation> 
    228                                 </annotation> 
    229                         </attribute> 
    230                         <attribute name = "Return"> 
    231                                 <annotation> 
    232                                         <documentation>Specifies whether to the program needs the FilePath or the FileContents. Currently, only the FilePath is supported.</documentation> 
    233                                 </annotation> 
    234                                 <simpleType> 
    235                                         <restriction base = "string"> 
    236                                                 <enumeration value = "FilePath"/> 
    237                                                 <enumeration value = "File"/> 
    238                                         </restriction> 
    239                                 </simpleType> 
    240                         </attribute> 
    241                         <attribute name = "Pixels" use = "required" type = "string"> 
    242                                 <annotation> 
    243                                         <documentation>References a formal input of semantic type 'Pixels'</documentation> 
    244                                 </annotation> 
    245                         </attribute> 
    246                 </complexType> 
    247         </element> 
    248         <element name = "RawImageFilePath"> 
    249                 <annotation> 
    250                         <documentation>Used with variable substitution. This will be substituted with the path and file of the raw pixel dump image file. 
     216                                        </xsd:documentation> 
     217                                </xsd:annotation> 
     218                                <xsd:simpleType> 
     219                                        <xsd:restriction base = "xsd:string"> 
     220                                                <xsd:enumeration value = "RAW"/> 
     221                                                <xsd:enumeration value = "TIFF"/> 
     222                                        </xsd:restriction> 
     223                                </xsd:simpleType> 
     224                        </xsd:attribute> 
     225                        <xsd:attribute name = "XYPlaneID" use="optional" type = "xsd:string"> 
     226                                <xsd:annotation> 
     227                                        <xsd:documentation>Needed if you need another plane to match indexes. Referenced by the Match element.</xsd:documentation> 
     228                                </xsd:annotation> 
     229                        </xsd:attribute> 
     230                        <xsd:attribute name = "Return" use="optional"> 
     231                                <xsd:annotation> 
     232                                        <xsd:documentation>Specifies whether to the program needs the FilePath or the FileContents. Currently, only the FilePath is supported.</xsd:documentation> 
     233                                </xsd:annotation> 
     234                                <xsd:simpleType> 
     235                                        <xsd:restriction base = "xsd:string"> 
     236                                                <xsd:enumeration value = "FilePath"/> 
     237                                                <xsd:enumeration value = "File"/> 
     238                                        </xsd:restriction> 
     239                                </xsd:simpleType> 
     240                        </xsd:attribute> 
     241                        <xsd:attribute name = "Pixels" use = "required" type = "xsd:string"> 
     242                                <xsd:annotation> 
     243                                        <xsd:documentation>References a formal input of semantic type 'Pixels'</xsd:documentation> 
     244                                </xsd:annotation> 
     245                        </xsd:attribute> 
     246                </xsd:complexType> 
     247        </xsd:element> 
     248        <xsd:element name = "RawImageFilePath"> <!-- top level definition --> 
     249                <xsd:annotation> 
     250                        <xsd:documentation>Used with variable substitution. This will be substituted with the path and file of the raw pixel dump image file. 
    251251e.g. /OME/repository/1-tinyTest.ori 
    252                         </documentation> 
    253                 </annotation> 
    254                 <complexType> 
    255                         <attribute name = "Pixels" use = "required" type = "string"> 
    256                                 <annotation> 
    257                                         <documentation>References a formal input of semantic type 'Pixels'</documentation> 
    258                                 </annotation> 
    259                         </attribute> 
    260                 </complexType> 
    261         </element> 
    262         <element name = "InputRecord"> 
    263                 <annotation> 
    264                         <documentation>Groups a set of inputs into records.</documentation> 
    265                 </annotation> 
    266                 <complexType> 
    267                         <sequence> 
    268                                 <element ref = "CLI:Index" maxOccurs = "unbounded"/> 
    269                                 <choice> 
    270                                         <element ref = "CLI:DelimitedRecord"/> 
    271                                         <element ref = "CLI:CustomRecord"/> 
    272                                 </choice> 
    273                         </sequence> 
    274                 </complexType> 
    275                 <unique name = "InputRecord_XYPlaneID"> 
    276                         <selector xpath = ".//CLI:XYPlane"/> 
    277                         <field xpath = "@XYPlaneID"/> 
    278                 </unique> 
    279                 <keyref name = "InputRecord_XYPlaneID_Ref" refer = "CLI:InputRecord_XYPlaneID"> 
    280                         <selector xpath = ".//CLI:Match"/> 
    281                         <field xpath = "@XYPlaneID"/> 
    282                 </keyref> 
    283         </element> 
    284         <element name = "OutputRecord"> 
    285                 <annotation> 
    286                         <documentation>Groups a set of outputs into records.</documentation>