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Changeset 53

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Timestamp:
07/03/07 15:07:27 (18 months ago)
Author:
andrew
Message:

Changes before restructure of directories

Location:
OME/src/xml
Files:
11 modified

  • schemas/AnalysisChain.xsd (modified) (1 diff)
  • schemas/AnalysisModule.xsd (modified) (4 diffs)
  • schemas/BinaryFile.xsd (modified) (3 diffs)
  • schemas/CA.xsd (modified) (1 diff)
  • schemas/CLI.xsd (modified) (2 diffs)
  • schemas/DataHistory.xsd (modified) (1 diff)
  • schemas/MLI.xsd (modified) (2 diffs)
  • schemas/SPW.xsd (modified) (30 diffs)
  • schemas/STD.xsd (modified) (1 diff)
  • schemas/ome.xsd (modified) (22 diffs)
  • workingcopy/ome.xsd (modified) (1 diff)

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • OME/src/xml/schemas/AnalysisChain.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    22<!-- 
    3 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    4 # 
    5 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    6 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    7 #       National Institutes of Health, 
    8 #       University of Dundee 
    9 # 
    10 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1112--> 
    12  
    13  
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    15  
    1613<!-- 
    17 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    18 # Written by:  Ilya G. Goldberg, Josiah Johnston, Andrew J Patterson  
    19 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by:  Ilya G. Goldberg, Josiah Johnston, Andrew J Patterson  
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    2017--> 
    21  
    22  
    23  
    24 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
    2518<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    2619        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/AnalysisChain/2007-06" 

  • OME/src/xml/schemas/AnalysisModule.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    2 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
     2<!-- 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     12--> 
     13<!-- 
     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     17--> 
    318<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    419        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/AnalysisModule/2007-06" 
    … …  
    722        xmlns:Bin = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/BinaryFile/2007-06" 
    823        xmlns:MLI = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/MLI/2007-06" 
    9          xmlns:xsd = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
     24        xmlns:OME = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/OME/2007-06" 
     25        xmlns:xsd = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    1026         version = "1" 
    1127         elementFormDefault = "qualified"> 
    … …  
    1329        <import namespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/BinaryFile/2007-06" schemaLocation = "BinaryFile.xsd"/> 
    1430        <import namespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/MLI/2007-06" schemaLocation = "MLI.xsd"/> 
     31        <import namespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/OME/2007-06" schemaLocation = "OME.xsd"/> 
    1532        <import namespace = "http://www.w3.org/XML/1998/namespace"/> 
    16         <!-- 
    17 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    18 # 
    19 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    20 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    21 #       National Institutes of Health, 
    22 #       University of Dundee 
    23 # 
    24 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    25 --> 
    26         <!-- 
    27 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    28 # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
    29 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    30 --> 
    3133        <element name = "Entry"> 
    3234                <complexType> 
    … …  
    412414        </simpleType> 
    413415        <simpleType name = "ModuleID"> 
    414                 <restriction base = "AML:LSID"> 
    415                         <pattern value = "(urn:lsid:)?(\S+\.\S+)+(:Module)(:\S+)"/> 
    416                 </restriction> 
    417         </simpleType> 
    418         <simpleType name = "LSID"> 
    419                 <restriction base = "string"> 
    420                         <pattern value = "(urn:lsid:)?(\S+\.\S+)+(:\S+)(:\S+)"/> 
     416                <restriction base = "OME:LSID"> 
     417                        <pattern value = "(urn:lsid:([\w-\.]+\.[\w-\.]+)+:Module:\S+)|(Module:\S+)"/> 
    421418                </restriction> 
    422419        </simpleType> 

  • OME/src/xml/schemas/BinaryFile.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    2 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
     2<!-- 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
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     15        # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     17--> 
    318<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    419        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/BinaryFile/2007-06" 
    … …  
    722         elementFormDefault = "qualified"> 
    823        <import namespace = "http://www.w3.org/XML/1998/namespace"/> 
    9         <!-- 
    10 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    11 # 
    12 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    13 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    14 #       National Institutes of Health, 
    15 #       University of Dundee 
    16 # 
    17 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    18 --> 
    19         <!-- 
    20 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    21 # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
    22 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    23 --> 
    2424        <annotation> 
    2525                <documentation> 
    … …  
    7777                                                </simpleType> 
    7878                                        </attribute> 
    79                                         <attribute name="Length"> 
     79                                        <attribute name="Length" use="required"> 
    8080                                                <annotation> 
    8181                                                        <documentation>Character count attribute for the BinData field. This is the length of the base-64 encoded block. It allows easy skipping of the block when parsing the file. 

  • OME/src/xml/schemas/CA.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    22<!-- 
    3 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    4 # 
    5 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    6 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    7 #       National Institutes of Health, 
    8 #       University of Dundee 
    9 # 
    10 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1112--> 
    12  
    13  
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    15  
    1613<!-- 
    17 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    18 # Written by:  Ilya G. Goldberg, Josiah Johnston, Andrew J Patterson  
    19 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by:  Ilya G. Goldberg, Josiah Johnston, Andrew J Patterson  
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    2017--> 
    21  
    22  
    23  
    24 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
    2518<xsd:schema xmlns = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/CA/2007-06" 
    2619        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/CA/2007-06" 

  • OME/src/xml/schemas/CLI.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    2 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
     2<!-- 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     12--> 
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     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     17--> 
    318<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    419        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/CLI/2007-06" 
    … …  
    2843                </attribute> 
    2944        </attributeGroup> 
    30         <!-- 
    31 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    32 # 
    33 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    34 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    35 #       National Institutes of Health, 
    36 #       University of Dundee 
    37 # 
    38 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    39 --> 
    40         <!-- 
    41 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    42 # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
    43 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    44 --> 
    4545        <element name = "ExecutionInstructions"> 
    4646                <annotation> 

  • OME/src/xml/schemas/DataHistory.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    2 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
     2<!-- 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     12--> 
     13<!-- 
     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by: Ilya G. Goldberg, Josiah Johnston, Andrew J Patterson  
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     17--> 
    318<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    419         targetNamespace = "http://openmicroscopy.com/XMLschemas/DataHistory/IR3/DataHistory.xsd" 

  • OME/src/xml/schemas/MLI.xsd

    r41 r53  
    11<?xml version = "1.0" encoding = "UTF-8"?> 
    2 <!--Generated by Turbo XML 2.3.1.100. Conforms to w3c http://www.w3.org/2001/XMLSchema--> 
     2<!-- 
     3        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     4        # 
     5        # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
     6        #       Massachusetts Institute of Technology, 
     7        #       National Institutes of Health, 
     8        #       University of Dundee, 
     9        #       University of Wisconsin at Madison 
     10        # 
     11        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     12--> 
     13<!-- 
     14        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     15        # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
     16        #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
     17--> 
    318<schema xmlns = "http://www.w3.org/2001/XMLSchema" 
    419        targetNamespace = "http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/MLI/2007-06" 
    … …  
    722         elementFormDefault = "qualified"> 
    823        <import namespace = "http://www.w3.org/XML/1998/namespace"/> 
    9         <!-- 
    10 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    11 # 
    12 # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    13 #       Massachusetts Institute of Technology, 
    14 #       National Institutes of Health, 
    15 #       University of Dundee 
    16 # 
    17 # 
    18 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    19 --> 
    20         <!-- 
    21 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    22 # Written by:  Josiah Johnston <siah@nih.gov>, Andrew J Patterson 
    23 #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    24 --> 
     24 
    2525        <element name = "ExecutionInstructions"> 
    2626                <annotation> 

  • OME/src/xml/schemas/SPW.xsd

    r41 r53  
    33    #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    44    # 
    5     # Copyright (C) 2007 Open Microscopy Environment 
     5    # Copyright (C) 2003-2007 Open Microscopy Environment 
    66    #       Massachusetts Institute of Technology, 
    77    #       National Institutes of Health, 
    8     #       University of Dundee 
    9     # 
     8    #       University of Dundee, 
     9    #       University of Wisconsin at Madison 
    1010    # 
    1111    #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    … …  
    1616    #~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 
    1717--> 
    18  
    1918<xsd:schema xmlns="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/SPW/2007-06"  
    2019    targetNamespace="http://www.openmicroscopy.org/XMLschemas/SPW/2007-06"  
    … …  
    3837        <xsd:annotation> 
    3938            <xsd:documentation> 
    40                                 A type based on string used to store a referance to an object in an external database.  
     39                                A type based on string used to store a reference to an object in an external database.  
    4140            </xsd:documentation> 
    4241        </xsd:annotation> 
    … …  
    4443    </xsd:simpleType> 
    4544  
    46    <xsd:element name="Plate"> 
     45    <xsd:element name="Plate"> 
    4746        <xsd:annotation> 
    4847            <xsd:documentation> 
    … …  
    5049                A plate can belong to more than one screen. 
    5150                The Screen(s) that a plate belongs to are specified by the ScreenRef element. 
    52                 The EternRef attribute may contain a reference to an external database. 
    5351                The Plate ID and Name attributes are required. 
    54                 The Name identifies the plate to the user.  It is used much like the Plate ID, and so must be unique within the document. 
     52                                The Wells in a plate are numbers from the top-left corner in a grid starting at zero. 
     53                                i.e The top-left well of a plate is index (0,0) 
    5554            </xsd:documentation> 
    5655        </xsd:annotation> 
    5756        <xsd:complexType> 
    5857            <xsd:sequence> 
    59                 <xsd:element ref="PlateDataset" minOccurs="0"/> 
    60                 <xsd:element ref="ScreenPlate" minOccurs="0"/> 
    61                 <xsd:element ref="Well" minOccurs="0"/> 
     58                <xsd:element ref="ScreenRef" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> 
     59                <xsd:element ref="Well" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> 
    6260            </xsd:sequence> 
    6361            <xsd:attribute name="ID" use="required" type="PlateID"/> 
    64             <xsd:attribute name="Name" use="required" type="xsd:string"/> 
    65             <xsd:attribute name="Description" use="required" type="xsd:string"/> 
    66             <xsd:attribute name="Status" use="required" type="xsd:string"/> 
     62            <xsd:attribute name="Name" use="required" type="xsd:string"> 
     63                    <xsd:annotation> 
     64                        <xsd:documentation> 
     65                                    The Name identifies the plate to the user.  It is used much like the  
     66                                                ID, and so must be unique within the document. 
     67                        </xsd:documentation> 
     68                    </xsd:annotation>            
     69                        </xsd:attribute> 
     70            <xsd:attribute name="Description" type="xsd:string"/> 
     71            <xsd:attribute name="Status" type="xsd:string"> 
     72                    <xsd:annotation> 
     73                        <xsd:documentation> 
     74                                A textual annotation of the current state of the plate with respect to the  
     75                                                experiment work-flow; e.g. 
     76                                                1. Seed cell: done; 2. Transfection: done;      3. Gel doc: todo. 
     77                        </xsd:documentation> 
     78                    </xsd:annotation> 
     79                        </xsd:attribute> 
    6780            <xsd:attribute name="ExternRef" type="ExternDBref"> 
    6881                <xsd:annotation> 
    6982                    <xsd:documentation> 
     83                                The EternRef attribute may contain a reference to an external database. 
    7084                                                This is called ExternalIdentifier in the EA Diagrams 
    7185                    </xsd:documentation> 
    … …  
    7589    </xsd:element> 
    7690 
    77     <xsd:element name="PlateDataset"> 
    78         <xsd:annotation> 
    79             <xsd:documentation> 
    80                 This is a link between a Dataset and a Plate. 
    81             </xsd:documentation> 
    82         </xsd:annotation> 
    83         <xsd:complexType> 
    84             <xsd:sequence> 
    85                 <xsd:element ref="AML:Entry" maxOccurs="unbounded"/> 
    86                 <xsd:element ref="AML:Description" minOccurs="0"/> 
    87                 <xsd:element ref="OME:Dataset" minOccurs="0"/> 
    88                 <xsd:element ref="Plate" minOccurs="0"/> 
    89             </xsd:sequence> 
    90             <xsd:attribute name="Name" use="required"> 
    91                 <xsd:annotation> 
    92                     <xsd:documentation>Tied to DB. LOOKUP_TABLES.NAME</xsd:documentation> 
    93                 </xsd:annotation> 
    94                 <xsd:simpleType> 
    95                     <xsd:restriction base="xsd:string"> 
    96                         <xsd:maxLength value="64"/> 
    97                     </xsd:restriction> 
    98                 </xsd:simpleType> 
    99             </xsd:attribute> 
    100         </xsd:complexType>      
    101     </xsd:element> 
    102  
    103     <xsd:element name="PlateImage"> 
    104         <xsd:annotation> 
    105             <xsd:documentation> 
    106                 A PlateImage is an image attribute that serves as a short-cut between 
    107                 a set of Images and the Plate they belong to.  
    108                  
    109                 Not sure what this maps to in EA - ajp 
    110                 Is it ScreenPlate? Nope - ajp 
    111                 Probably not needed in xsd at all - ajp 
    112             </xsd:documentation> 
    113         </xsd:annotation>   
    114         <xsd:complexType> 
    115             <xsd:sequence> 
    116             <xsd:element ref="OME:Image" minOccurs="0"/> 
    117             <xsd:element ref="PlateRef" minOccurs="0"/> 
    118             </xsd:sequence> 
    119         </xsd:complexType> 
    120     </xsd:element> 
    121  
    12291    <xsd:element name="PlateRef"> 
     92        <xsd:annotation> 
     93            <xsd:documentation> 
     94                The PlateRef element is a reference to a Plate element. 
     95                Screen elements may have one or more PlateRef elements to define the plates that are part of the screen. 
     96                Plates may belong to more than one screen. 
     97            </xsd:documentation> 
     98        </xsd:annotation> 
    12399        <xsd:complexType> 
    124100            <xsd:complexContent> 
    125101                <xsd:extension base="OME:Reference"> 
    126102                    <xsd:attribute name="ID" use="required" type="PlateID"/> 
    127                     <xsd:attribute name="Well" use="required"> 
    128                         <xsd:simpleType> 
    129                             <xsd:restriction base="xsd:string"> 
    130                                 <xsd:pattern value="[A-Z]+[0-9]+"/> 
    131                             </xsd:restriction> 
    132                         </xsd:simpleType> 
    133                     </xsd:attribute> 
    134                     <xsd:attribute name="Sample" type="xsd:integer"/> 
    135103                </xsd:extension> 
    136104            </xsd:complexContent> 
    … …  
    140108    <xsd:simpleType name="PlateID"> 
    141109        <xsd:restriction base="OME:LSID"> 
    142             <xsd:pattern value="(urn:lsid:)?(\S+\.\S+)+(:Plate)(:\S+)"/> 
     110            <xsd:pattern value="(urn:lsid:([\w-\.]+\.[\w-\.]+)+:Plate:\S+)|(Plate:\S+)"/> 
    143111        </xsd:restriction> 
    144112    </xsd:simpleType> 
    … …  
    151119        </xsd:annotation>       
    152120        <xsd:complexType> 
    153             <xsd:sequence> 
    154                 <xsd:element ref="ReagentWell" minOccurs="0"/> 
    155             </xsd:sequence> 
    156121            <xsd:attribute name="ID" use="required" type="ReagentID"/> 
    157122            <xsd:attribute name="Description" type="xsd:string"> 
    158123                <xsd:annotation> 
    159124                    <xsd:documentation> 
     125                                                A long description for the reagent 
    160126                    </xsd:documentation> 
    161127                </xsd:annotation>                    
    … …  
    164130                <xsd:annotation> 
    165131                    <xsd:documentation> 
     132                                                A short name for the reagent 
    166133                    </xsd:documentation> 
    167134                </xsd:annotation>                 
    … …  
    171138                    <xsd:documentation> 
    172139                        This is a reference to an external (to OME) representation of the Reagent. 
    173                         It serves as a foreign key into an external database. - aka ExternalIdentifier 
     140                        It serves as a foreign key into an external database. - It is sometimes refereed to as ExternalIdentifier. 
    174141                    </xsd:documentation> 
    175142                </xsd:annotation>       
    … …  
    178145    </xsd:element> 
    179146 
     147    <xsd:element name="ReagentRef"> 
     148        <xsd:complexType> 
     149            <xsd:complexContent> 
     150                <xsd:extension base="OME:Reference"> 
     151                    <xsd:attribute name="ID" use="required" type="ReagentID"/> 
     152                </xsd:extension> 
     153            </xsd:complexContent> 
     154        </xsd:complexType> 
     155    </xsd:element> 
     156     
    180157    <xsd:simpleType name="ReagentID"> 
    181158        <xsd:restriction base="OME:LSID"> 
    182             <xsd:pattern value="(urn:lsid:)?(\S+\.\S+)+(:Reagent)(:\S+)"/> 
    183         </xsd:restriction> 
    184     </xsd:simpleType> 
    185  
    186     <xsd:element name="ReagentWell"> 
    187         <xsd:annotation> 
    188             <xsd:documentation> 
    189                 A ReagentWell is used to link a Reagent to a Well (and from there to Plates and Screens) 
    190                 A WellSample is an image attribute that also has a reference to Well.  Images 
    191                 can be linked to Reagents in a Screen format by having WellSample and ReagentWell refer to 
    192                 the same Well. 
    193             </xsd:documentation> 
    194         </xsd:annotation>      
    195         <xsd:complexType> 
    196             <xsd:sequence> 
    197                 <xsd:element ref="Reagent" minOccurs="0"/> 
    198                 <xsd:element ref="Well" minOccurs="0"/> 
    199             </xsd:sequence> 
    200         </xsd:complexType> 
    201     </xsd:element> 
     159            <xsd:pattern value="(urn:lsid:([\w-\.]+\.[\w-\.]+)+:Reagent:\S+)|(Reagent:\S+)"/> 
     160        </xsd:restriction> 
     161    </xsd:simpleType> 
    202162 
    203163    <xsd:element name="Screen"> 
    … …  
    210170                Screens may contain overlapping sets of Plates i.e.  Screens and Plates have a many-to-many relationship. 
    211171                Plates contain one or more ScreenRef elements to specify what screens they belong to. 
    212                 Added - ProtocolIdentifier, ProtocolDescription, ReagentSetDescription, ReagentSetIdentifier, and Type - ajp 
    213                 Is ExternRef needed - not in EA model? - only in DB model - removed - ajp 
    214172            </xsd:documentation> 
    215173        </xsd:annotation> 
    … …  
    217175            <xsd:sequence> 
    218176                <xsd:element ref="OME:Description" minOccurs="0"/> 
    219                 <xsd:element ref="ScreenPlate" minOccurs="0"/> 
    220                 <xsd:element ref="ScreenImage" minOccurs="0"/> 
    221                 <xsd:element ref="ScreenAcquisition" minOccurs="0"/> 
     177                <xsd:element ref="Reagent" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> 
     178                <xsd:element ref="PlateRef" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> 
     179                <xsd:element ref="ScreenAcquisition" minOccurs="0" maxOccurs="unbounded"/> 
    222180            </xsd:sequence> 
    223181            <xsd:attribute name="ID" use="required" type="ScreenID"/> 
    224182            <xsd:attribute name="Name" use="required" type="xsd:string"/> 
    225             <xsd:attribute name="ProtocolIdentifier" type="ExternDBref"/> 
    226             <xsd:attribute name="ProtocolDescription" type="xsd:string"/> 
    227             <xsd:attribute name="ReagentSetDescription" type="xsd:string"/> 
    228             <xsd:attribute name="ReagentSetIdentifier" type="xsd:string"/> 
    229             <xsd:attribute name="Type" type="xsd:string"/> 
     183            <xsd:attribute name="ProtocolIdentifier" type="ExternDBref"> 
     184                                <xsd:annotation>